はい、構いません。

ですが、麦飯石の効果は、比較的高い水温のほうが発揮されます。
麦飯石の水は、常温で作るほうが望ましいのです。

といっても、お水はやっぱり適度に冷えているほうが おいしく感じるもの。

冷たい水を飲む場合は、
常温で麦飯石の水を作り→でき上がってから冷蔵庫で冷やす。
面倒ですが、こうすることが望ましいのです。

低温（冷蔵庫）で作る場合は、放置時間をできるだけ長くしてください。

参考までに、旧厚生省が１９８５年に
「おいしい水の要件」という調査結果を発表しています。

この中で、水温は最高20度以下（10～15度がよい）、となっています。
つまり、適度に冷えた水がおいしいということです。